В конце войны пилот Коити Сикисима совершил вынужденную посадку на острове Одо. Там находилась секретная ремонтная база японских военных. Сразу после заката на базу обрушилось нечто чудовищное — гигантский ящер, которого островитяне звали Годзилла.
Коити удалось улететь. Он вернулся в Токио, но город лежал в руинах. От его дома не осталось ничего, родители погибли. Жить было негде и не на что. В развалинах он встретил девушку по имени Норико. Она тоже осталась одна, спасая во время бомбёжки чужого младенца. Они стали держаться вместе, помогая друг другу выжить.
Шли годы. Постепенно жизнь начала налаживаться. Коити устроился на опасную работу — в отряд, который занимался очисткой Токийского залива от неразорвавшихся морских мин. Работали на старом деревянном катере, день за днём прочёсывая воду.
Однажды во время обычного выхода в залив вода внезапно вздыбилась. Из глубин поднялось нечто колоссальное, покрытое шрамами и наростами. Это был Годзилла, но теперь он был намного больше и страшнее, чем на острове. Словно сама смерть, выросшая из огня ядерных испытаний на Бикини, встала на их пути.
